INCLIVA bioinformatics department after one-and-a-half year’s work

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Hoy en día es difícil entender la biomedicina sin la bioinformática, de ahí que la dirección de INCLIVA decidiera poner en marcha una unidad en el seno del Instituto. Hace ahora cerca de año y medio que esta Unidad se instaló en el corazón de la nueva sede de INCLIVA.

En la actualidad la unidad cuenta con un moderno Centro de Cálculo con gran potencial de escalabilidad acorde a las necesidades presentes y futuras. Además después del verano estará disponible un cluster de computación al servicio de los investigadores.

Son colaboradores habituales de varios grupos de Investigación tanto dentro del Instituto, como con otros centros de investigación como el CIPF –Centro de Investigación Príncipe Felipe- o el EBI -European Bionformatics Institute- de Cambridge, Inglaterra.

El equipo de Bioinformática está formado por su coordinador, Pablo Marín, doctor en biología, los predoctorales Daniel Pérez y Alba Sanchis, licenciados en biotecnología y bioquímica respectivamente y Miguel Herreros, ingeniero informático responsable de los sistemas informáticos.

La Unidad nace a partir de la Unidad de Genotipado y Diagnóstico Genético de INCLIVA, UGDG, cuando en 2012 Pablo Marín, procedente del Genome Campus en Cambridge, Reino Unido, se incorporó a la UGDG. A finales de 2013 se dotó al INCLIVA de un Centro de Proceso de Datos (CPD) en el nuevo edificio dedicado en su mayor parte para el análisis bioinformático y procesamiento de datos, incorporándose al mismo Miguel Herreros como informático, sentando las bases de la actual Unidad de Bioinformática.

Durante 2014, tanto Pablo Marín como Miguel Herreros, se han dedicado a ajustar los medios técnicos y sistemas. Según Marín, “hasta ahora, en la Unidad, hemos estado configurando y poniendo a prueba los sistemas y la infraestructura informática, testando la capacidad de procesamiento de nuestro Centro de Cálculo”.

Los objetivos a corto plazo de la Unidad, prosigue son “proporcionar acceso a los recursos computacionales de alto rendimiento de los que consta el INCLIVA a los investigadores del centro, así como colaborar conjuntamente en áreas que van desde el diseño del experimento hasta el desarrollo de aplicaciones específicas. También se ofrece consultoría de metodología y análisis de datos. Así mismo, se impartirán cursos de formación y seminarios de divulgación en bioinformática”.

“Una parte importante de nuestro trabajo lo dedicamos a sistemas de visualización biológica. Ser investigadores nos permite diseñar herramientas y servicios más útiles y a la medida de otros investigadores y también nos sirve para entender el origen de los datos y sus peculiaridades pues un 50% del tiempo de muchos proyectos consiste en curar los datos y hojas de cálculo y organizarlos de forma procesable bioinformáticamente” declara Pablo Marín.

“En estos momentos los principales retos a los que se enfrenta la unidad de bioinformática, explica Pablo Marín es que “la bioinformática no trabaja realmente con BIG DATA sino con COMPLEX DATA. Nos enfrentamos a gran cantidad de datos donde lo importante no es tanto el tamaño sino su complejidad y cómo conseguir separar la señal del ruido. Para ello al final un bioinformático es un hombre orquesta que hace de programador de software científico, de biólogo computacional y biólogo de sistemas y por desgracia en muchos casos de su propio administrador de sistemas informáticos”.

“La bioinformática debe centrar sus esfuerzos en generar métodos cada vez más perfeccionados, rápidos y económicos para facilitar no solo la investigación, sino también su aplicación médica.” Prosigue pero subraya que “los datos genómicos no son la panacea, son un dato más en el arsenal del médico clínico para realizar un diagnóstico, aunque bien es cierto que un futuro cercano será un instrumento muy importante para los clínicos en sus tomas de decisiones, y será vital en los estudios epidemiológicos y de cara a la prevención”.

“La revolución que estamos viviendo ya mismo en la clínica es la incorporación de los datos genómicos en los ensayos e historias clínicas de los pacientes en algunos países, donde Finlandia e Islandia son pioneros y ahora Reino Unido tiene un proyecto de 100.000 genomas clínicos patrocinado por el sistema nacional de salud, el NHS. Todo esto nos va a permitir llegar a lo que actualmente se ha denominado ‘medicina de precisión’ donde la genómica clínica nos permitirá mejorar las aplicaciones prácticas de los fármacos, así como ayudar en la toma de decisiones a los clínicos y por último realizar modelos predictivos que mejoren la salud de los ciudadanos” prosigue.

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